小技巧而已，防止自己忘记。

使用mkvtoolnix-gui.exe操作一遍，然后复制命令，修改成批处理，在文件下面运行即可，文件带空格引号引起来。
最终使用的cmd

for %%i in (*.mkv) do D:/Tools/mkvtoolnix3800/mkvtoolnix-32-bit-38.0.0/mkvtoolnix\mkvmerge.exe --ui-language zh_CN --output %%~ni (1).mkv --language 0:und --default-track 0:yes --language 1:jpn --default-track 1:yes ( %%~ni.mkv ) --language 0:und ( %%~ni.chs.ass ) --track-order 0:0,0:1,1:0